马德里康普顿斯大学的专业包括医学、农林类、工程技术、美术、音乐、生物学、会计学、工商管理、金融学、管理信息系统、市场营销学、计算机和信息技术、教育学、英语、外国语言和文学、健康学、护理学、数学、历史学、心理学、宗教学、物理学、化学、哲学、社会学等。

马德里康普顿斯大学的科系完整，课程由古典文学到尖端科技均有开办。学生的选择甚多，其中以药学、法律、政治、教育、地质学、药剂、兽医等学科最为有名。学制为5年，前三年主要是基础及共同科目，后两年则是专业科目。现在马德里康普顿斯大学有3个主校区分别为ciudad universitaria校区即moncloa校区，islas filipinas校区（贸易系和旅游系），somosagua校区（经济系和企业管理系），在2014前在马德里卫星城aranjuez拥有分校区即felipe二世校区